Als sich im Sommer 1939 die Lage in Europa zuspitzte, wurde der Korpskommandant Guisan am 30. August 1939 von der Vereinigten Bundesversammlung zum General der Schweizer Armee gewählt – ein militärischer Dienstgrad, den es in der Schweizer Armee in Friedenszeiten nicht gibt. Auf Grund seiner unbestrittenen Fähigkeiten und weil überdies der französischsprachige Landesteil damals in der Regierung nur mit einem Bundesrat vertreten war, wurde Guisan auf Anhieb mit 204 von 229 gültigen Stimmen gewählt. Guisan wurde dabei stark von seinem Freund Rudolf Minger unterstützt, dem damaligen Chef des Eidgenössischen Militärdepartements (Verteidigungsminister).

Aufgrund von Guisans Operationsbefehl Nr. 2 vom 4. Oktober 1939 bezog das Gros der Schweizer Armee die Limmatstellung, um einen Angriff aus dem Norden und eine Umgehung der Maginotlinie durch die Schweiz aufhalten zu können. Diese Armeestellung war einseitig gegen Deutschland gerichtet. Neutralitätsrechtlich hätte die Schweiz auch die Westgrenze gegen Frankreich in gleicher Weise besetzen müssen, dazu fehlten jedoch die Truppen.

Mit dem Plan H, einer geheimen Vereinbarung zwischen der französischen und schweizerischen Armee zur Besetzung der vorbereiteten Verteidigungsstellung auf dem Gempenplateau durch französische Truppen, wollte man verhindern, dass die deutsche Wehrmacht die französische Maginotlinie durch die Schweiz hindurch umgehen konnte. Das Abkommen war insofern neutralitätsrechtlich korrekt, weil kein Automatismus bestand und die französischen Truppen erst nach einem deutschen Angriff und einem bundesrätlichen Hilfsgesuch in Marsch gesetzt worden wären.

Während des Kriegs verstand es Guisan immer wieder, den Wehrwillen der Schweizer Soldaten und der Bevölkerung zu stärken. Im Gegensatz zur damaligen Gepflogenheit suchte General Guisan auch auf zahlreichen Truppenbesuchen den Kontakt zum einfachen Soldaten und den Kommandanten der unteren Ränge. So bestellte er alle Kommandanten ab Stufe Truppenkörper (Bataillon und Abteilung) am 25. Juli 1940 an seinen Rapport auf dem Rütli (Rütlirapport), wo er die Réduit-Strategie ankündigte. Am 1. August hielt er dann eine landesweit in den Sprachen der Schweiz ausgestrahlte Radioansprache, die den Willen der Bevölkerung zur Verteidigung erneuert: « Könnten wir Widerstand leisten? ».

Guisan wurde am 20. August 1945 als General verabschiedet. 1947 übergab er der Bundesversammlung seinen 270-seitigen Bericht über die Zeit des Aktivdienstes.

Am 7. April 1960 verstarb Henri Guisan. Er wurde in Pully beigesetzt. Noch heute erinnern neben vielen Strassen, Plätzen, Gedenksteinen oder Reiterdenkmalen auch die in älteren Wirtschaften an der Wand hängenden Porträtfotografien an General Guisan. Die Trauerfeier war ein eigentliches Staatsbegräbnis, welches in der Eidgenossenschaft so gar nicht vorgesehen ist; im ganzen Land läuteten am 12. April um 13:30 Uhr die Kirchenglocken und zirka 300’000 Personen erwiesen Guisan neben dem Gesamtbundesrat, vielen ehemaligen Bundesräten und weiteren Honorablen die letzte Ehre.

Militärische Laufbahn
Henri Guisan bekleidete in der Schweizer Armee folgende Dienstgrade:

  • ab 1894: Leutnant
  • ab 1904: Hauptmann
  • ab 1908: Hauptmann im Generalstab
  • ab 1911: Major; Übertritt von der Feldartillerie in die Infanterie
  • ab 1916: Oberstleutnant im Generalstab
  • ab 1919: Stabschef der 2. Division, Kommandant des Infanterieregiments 9
  • ab 1921: Oberstbrigadier
  • ab 1927: Oberstdivisionär
  • ab 1932: Oberstkorpskommandant

Oberstbrigadier, Oberstdivisionär und Oberstkorpskommandant sind historische Dienstgrade. Die Bezeichnung „Oberst-“ bei den höheren Stabsoffizieren wurde 1977 fallen gelassen.

Am 13. Dezember 1893 wurde Guisan der Kavallerie zugeteilt, konnte aber die Sommer-Artillerierekrutenschule 1894 in Bière als Feldartillerist absolvieren. 1897 heiratete er Mary Doelker und liess sich als Landwirt in Chesalles-sur-Oron nieder. Das Ehepaar hatte die Kinder Henry und Myriam. 1902 übernahm er das Landgut seines Schwiegervaters Verte Rive in Pully bei Lausanne. In der Folge machte er im Militär eine steile Karriere. Bis zum Ersten Weltkrieg erreichte er den Grad eines Majors. Während des Krieges war er mehrmals an der deutschen Ostfront, um Kriegstaktik zu erlernen. In den 1930er-Jahren war er auch im Internationalen Olympischen Komitee tätig.